Во всех трех играх игрок управляет Мегаменом, проходящим серию платформенных уровней, которые можно проходить в любом порядке. В конце каждого этапа игроку предстоит сразиться с Мастером-роботом. Игрок получит особое оружие Мастера-робота, которое можно будет выбирать и использовать на протяжении всей игры. В каждой игре также есть один или несколько вспомогательных предметов, которые помогают игроку добраться до мест, недоступных обычным способом. У каждого мастер-оружия и вспомогательного предмета есть ограниченный запас энергии, которую можно пополнить, подбирая предметы, оставленные поверженными врагами. В сборник вошли улучшенные визуальные эффекты из оригинальных игр, а также аранжированная музыка. Важным изменением стало то, что в сборнике есть запасная батарея для каждой игры. Благодаря этому можно продолжить прохождение оригинальной Mega Man с более позднего этапа игры, хотя из-за этого в Mega Man 2 и Mega Man 3 пропала функция ввода пароля. The Wily Wars устраняет несколько ошибок, присутствующих в версиях игры для NES. После прохождения всех трех игр игроку становится доступен эксклюзивный игровой режим под названием «Злая башня». В «Злой башне» Мегамен проходит три разных этапа, сражаясь с тремя новыми боссами под названием «Genesis Unit», которые основаны на персонажах из Великого классического романа «Путешествие на Запад»: Бастере Роде.G (Сунь Укун), Мегаводе.S (Ша Уцзин) и Гипер Шторм.Х (Чжу Бацзе). После победы над ними игрок наконец сталкивается с Вили в одноименной башне. Чтобы пройти Wily Tower, игроку нужно вооружить Мегамена восемью видами оружия и тремя вспомогательными предметами из любой из трех основных игр.